1997年2月，機(jī)械工業(yè)部正式通知，安徽工學(xué)院與原合肥工業(yè)大學(xué)組建為新的合肥工業(yè)大學(xué)。

　　1998年9月1日，經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)，合肥工業(yè)大學(xué)被劃轉(zhuǎn)為教育部直屬高校。

　　2000年9月20日，合肥工業(yè)大學(xué)深圳研究院成立。

　　2002年，合肥工業(yè)大學(xué)出版社成立。

　　2001年，學(xué)校開(kāi)始建設(shè)新校區(qū)——翡翠湖校區(qū)。

　　2003年8月，翡翠湖校區(qū)全部建成并交付使用。

　　2005年，學(xué)校進(jìn)入國(guó)家“211工程”重點(diǎn)建設(shè)高校行列。

　　2006年，學(xué)校入選國(guó)家大學(xué)生文化素質(zhì)教育基地。

　　2009年，學(xué)校被列入國(guó)家“985工程”優(yōu)勢(shì)學(xué)科創(chuàng)新平臺(tái)建設(shè)高校計(jì)劃。

　　2007年，依托合肥工業(yè)大學(xué)創(chuàng)辦合肥共達(dá)職業(yè)技術(shù)學(xué)院。

　　2008年，入選國(guó)家大學(xué)生創(chuàng)新性實(shí)驗(yàn)計(jì)劃立項(xiàng)學(xué)校。

　　2010年6月，學(xué)校入選教育部第一批“卓越工程師教育培養(yǎng)計(jì)劃”實(shí)施高校。

　　2011年，經(jīng)教育部批準(zhǔn)，合肥工業(yè)大學(xué)、宣城市人民政府共同建設(shè)合肥工業(yè)大學(xué)宣城校區(qū)，學(xué)校對(duì)口支援北方民族大學(xué)。同年9月，由新華社安徽分社、安徽省科技廳和合肥工業(yè)大學(xué)三方聯(lián)合共建的科學(xué)研究機(jī)構(gòu)——合肥工業(yè)大學(xué)工業(yè)信息研究院成立。

　　2012年5月，學(xué)校被教育部評(píng)為“全國(guó)畢業(yè)生就業(yè)典型經(jīng)驗(yàn)高校”。

　　2013年5月，教育部、工業(yè)和信息化部、安徽省人民政府簽署協(xié)議，共建合肥工業(yè)大學(xué)。9月，合肥工業(yè)大學(xué)工業(yè)與裝備技術(shù)研究院成立。

　　2014年，合肥工業(yè)大學(xué)與合肥市人民政府共同組建合肥工業(yè)大學(xué)智能制造技術(shù)研究院。

　　2015年7月，學(xué)校入選了首批全國(guó)高校實(shí)踐育人創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)基地。

　　2016年6月，學(xué)校由新能源汽車(chē)工程研究院、汽車(chē)技術(shù)與裝備國(guó)家地方聯(lián)合工程研究中心與原汽車(chē)工程技術(shù)研究院合并組建合肥工業(yè)大學(xué)汽車(chē)工程技術(shù)研究院。

　　2017年2月，學(xué)校入選全國(guó)首批深化創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)教育改革示范高校。3月，學(xué)校獲批高等學(xué)校與科研機(jī)構(gòu)聯(lián)合培養(yǎng)博士研究生專(zhuān)項(xiàng)計(jì)劃。9月，學(xué)校入圍國(guó)家首批“雙一流”世界一流學(xué)科建設(shè)高校名單。11月，學(xué)校獲評(píng)第一屆全國(guó)文明校園榮譽(yù)稱(chēng)號(hào)。

　　2018年3月，學(xué)校入選教育部首批國(guó)家級(jí)“新工科”研究與實(shí)踐項(xiàng)目。7月，國(guó)家國(guó)防科技工業(yè)局、教育部聯(lián)合發(fā)文，確定“十三五”期間新增8所共建高校，合肥工業(yè)大學(xué)位列其中;同月，學(xué)校入選2018年度全國(guó)創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)典型經(jīng)驗(yàn)高校。

　　2019年5月，蚌埠市人民政府與合肥工業(yè)大學(xué)戰(zhàn)略合作簽約儀式在合肥舉行。